Ըստ բարավորի վրա պահպանված արձանագրության՝ Մխչյան գյուղի Ս. Հովհաննես եկեղեցին կառուցվել է 1890 թ., սակայն գործել է մինչև 1930-ական թվականնները, որից հետո, ինչպես շատ եկեղեցիներ, վերածվել է պահեստի: 1980-ական թվականներին եկեղեցու դռները նորից բացվեցին հավատավոր ժողովրդի առաջ՝ իբրև Աստծո և աղոթքի տուն: 2008 թ. գյուղի այցելու հովվի՝ Տեր Ղազար Պետրոսյանի և մի քանի հավատացյալների նախաձեռնությամբ կատարվեց դրամահավաք՝ եկեղեցու վերանորոգման համար: Հավաքված գումարներով կատարվեցին առաջնային համարվող մի քանի աշխատանքներ:
2010 թ. եկեղեցու հիմնական վերանորոգման աշխատանքներն ավարտին հասցնելու պարտականությունը ստանձնեց գյուղի բարեպաշտ հավատացյալներից մեկը՝ Արգամ Աբրահամյանը: Եկեղեցին ամբողջապես վերանորոգվեց դրսից և ներսից, ողջ տարածքը կանաչապատվեց և ցանկապատվեց, կառուցվեց փոքրիկ զանգակատուն և Սուրբ Սեղան: 2012 թ. ապրիլի 13-ին ձեռամբ Արարատյան Հայրապետական թեմի Առաջնորդական փոխանորդ Տեր Նավասարդ արքեպիսկոպոս Կճոյանի կատարվեց եկեղեցու նավակատիքի արարողությունը, օծվեցին խաչը, դռները, սյուները, մկրտության ավազանը:
Հաջորդ օրը՝ ապրիլի 14-ին, Ս. Հովհաննես Մկրտչի գլխատաման հիշատակության օրը, տեղի ունեցավ եկեղեցու օծման արարողությունը: Եկեղեցու հոգևոր հովիվ Տեր Միքայել քահանա Նուրիջանյանը մատուցեց անդրանիկ պատարագը, որից հետո տեղի ունեցավ բարերարի կազմակերպած միջոցառումն ու հյուրասիրությունը համայնքի բնակիչներին: «Յուրաքանչյուր տարի Սուրբ Հարության տոնին հաջորդող շաբաթը` Ս. Հովհաննես Մկրտչի գլխատման հիշատակության օրը, կլինի այս եկեղեցու ուխտի օրը»,- հավարտ Սուրբ Պատարագի ավետեց Տեր Նավասարդ արքեպիսկոպոս Կճոյանը: